PyMOL

PyMOL
PyMOL的使用界面：包括一个图形显示窗口和一个GUI窗口。
開發者DeLano Scientific LLC
当前版本
  • 2.5.0 (2021年5月10日)[1]
  • 2.5.5 (2023年3月27日；穩定版本)[2]
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源代码库
  • github.com/schrodinger/pymol-open-source
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操作系统Windows、各类Linux和Unix、OSX
类型分子建模
许可协议開放源碼，使用者贊助
网站pymol.sourceforge.net

PyMOL是一个开放源码，由使用者贊助的分子三维结构显示软件。由Warren Lyford DeLano编写，並且由DeLano Scientific LLC將它商業化。DeLano Scientific LLC是一個私人的軟體公司，它致力於創造讓普遍的科學與教育社群都能取得的好用軟體工具。

PyMOL适用于创作高品質的小分子或是生物大分子（特别是蛋白質）的三维结构圖像。軟體的作者宣称，在所有正式发表的科學文獻中的蛋白質結構圖像中，有四分之一是使用PyMOL來製作。

PyMOL是少數可以用在結構生物学领域的开放源代码視覺化工具。

軟體以Py+MOL命名：“Py”表示它是由一种计算机语言Python所衍生出來的，“MOL”表示它是用于显示分子（英文为molecule）结构的软件。

商业化举措

自2006年8月1日起，DeLano Scientific對於事先編譯過的PyMOL執行程式（包括beta版）的取得採取限定下載的措施。 目前，完全无限制的可執行程序只有付費用戶可以取得。学生和教师可以通过一项声明来取得教育版PyMOL以用于教学和其它受限制的领域。用户还可以在一定时间内免费使用评估版本，以便于决定是否购买该软件。

PyMOL的源代碼目前仍可以免費下载，供使用者编译。對於Linux、Unix以及Mac OS X等操作系统，非付费用户可以通过自行编译源代碼来获得PyMOL執行程式；而对于Windows的使用者，如果不安装第三方软件，则无法编译源代碼。這表示使用Windows的用户取得新版PyMOL（PyMOL1.0及之后的版本）執行程式的方式就是成為付費會員，或者使用第三方软件（如Cygwin）进行编译[3]。

类似软件

  • VMD
  • Gabedit
  • Molden
  • Moleke
  • Molecular modelling
  • Jmol
  • RasMol
  • WHAT IF software
  • Cn3D

参考文献

  1. ^ Release 2.5.0. 2021年5月10日 [2021年5月16日]. 
  2. ^ PyMOL v2.5.5 Maintenance Release. 2023年3月27日 [2023年10月12日]. 
  3. ^ （英文）Windows Install. [2008年1月9日]. （原始内容存档于2007年10月25日）. 

外部連結

  • 查
  • 论
  • 编
化学信息学
自由软件
  • Avalon化学信息学工具包
  • Bioclipse（英语：Bioclipse）
  • Blue Obelisk（英语：Blue Obelisk）
  • Chemistry Development Kit（英语：Chemistry Development Kit）
  • ECCE（英语：Extensible Computational Chemistry Environment）
  • JOELib（英语：JOELib）
  • OELib（英语：OELib）
  • Open Babel（英语：Open Babel）
  • RDKit（英语：RDKit）
专有软件
  • Canvas（英语：Schrödinger, Inc.）
  • Chemicalize（英语：Chemicalize）
  • Discovery Studio（英语：Discovery Studio）
化学动力学
自由软件
  • APBS（英语：APBS (software)）
  • Cantera（英语：Cantera (software)）
  • KPP（英语：Kinetic PreProcessor）
专有软件
  • Autochem（英语：Autochem）
  • Chemical WorkBench（英语：Chemical WorkBench）
  • CHEMKIN（英语：CHEMKIN）
  • COSILAB（英语：COSILAB）
  • DelPhi（英语：DelPhi）
  • Khimera（英语：Khimera）
分子建模和可视化
分子图形系统列表（英语：List of molecular graphics systems）
自由软件
  • Ascalaph Designer（英语：Ascalaph Designer）
  • 阿伏伽德罗
  • BALL（英语：BALL）
  • Biskit（英语：Biskit）
  • Gabedit（英语：Gabedit）
  • Ghemical（英语：Ghemical）
  • Jmol（英语：Jmol）
  • Molekel（英语：Molekel）
  • PyMOL
  • QuteMol（英语：QuteMol）
  • RasMol（英语：RasMol）
专有软件
  • Abalone（英语：Abalone (molecular mechanics)）
  • ACD/ChemSketch（英语：ACD/ChemSketch）
  • Atomistix ToolKit（英语：Atomistix ToolKit）
  • ChemDraw（英语：ChemDraw）
  • ChemWindow（英语：ChemWindow）
  • EzMol（英语：EzMol）
  • GAUSSIAN
  • Maestro（英语：Schrödinger, Inc.）
  • MarvinSketch
  • MarvinView
  • MODELLER（英语：MODELLER）
  • MOE（英语：Molecular Operating Environment）
  • SAMSON（英语：SAMSON）
  • Spartan（英语：Spartan (chemistry software)）
  • UCSF Chimera（英语：UCSF Chimera）
  • VMD
分子对接（英语：Docking (molecular)）
蛋白质—配体对接软件列表（英语：List of protein-ligand docking software）
自由软件
  • AutoDock（英语：AutoDock）
  • AutoDock Vina
  • FlexAID（英语：FlexAID）
  • rDock（英语：rDock）
专有软件
  • Glide（英语：Glide (docking)）
  • LeDock（英语：LeDock）
  • MOE（英语：Molecular Operating Environment）
分子动力学
自由软件
  • CP2K（英语：CP2K）
  • GROMACS
  • LAMMPS
  • OpenMM（英语：OpenMM）
  • PLUMED（英语：PLUMED）
专有软件
  • Abalone（英语：Abalone (molecular mechanics)）
  • AMBER
  • CHARMM
  • CPMD（英语：Car–Parrinello molecular dynamics）
  • Desmond（英语：Desmond (software)）
  • GROMOS（英语：GROMOS）
  • NAMD（英语：NAMD）
量子化学
自由软件
  • ABINIT（英语：ABINIT）
  • ACES（英语：ACES (computational chemistry)）（CFOUR）
  • AIMAll
  • BigDFT（英语：BigDFT）
  • COLUMBUS（英语：COLUMBUS）
  • CONQUEST（英语：CONQUEST）
  • CP2K（英语：CP2K）
  • Dalton（英语：Dalton (program)）
  • DIRAC（英语：Dirac (software)）
  • DP code（英语：DP code）
  • FLEUR（英语：FLEUR）
  • FreeON（英语：FreeON）
  • MADNESS（英语：MADNESS）
  • MOPAC（英语：MOPAC）
  • MPQC（英语：Massively parallel quantum chemistry）
  • NWChem（英语：NWChem）
  • Octopus（英语：Octopus (software)）
  • OpenMolcas（英语：MOLCAS）
  • PARSEC（英语：PARSEC）
  • PSI
  • PyQuante（英语：PyQuante）
  • PySCF（英语：PySCF）
  • Quantum ESPRESSO（英语：Quantum ESPRESSO）（PWscf）
  • RMG（英语：RMG (program)）
  • SIESTA（英语：SIESTA (computer program)）
  • VB2000（英语：Valence bond programs）
  • YAMBO code（英语：YAMBO code）
专有软件
  • ADF（英语：Amsterdam Density Functional）
  • AMPAC（英语：AMPAC）
  • DMol3（英语：DMol3）
  • CADPAC（英语：CADPAC）
  • CASINO（英语：CASINO）
  • CASTEP（英语：CASTEP）
  • CPMD（英语：Car–Parrinello molecular dynamics）
  • CRUNCH（英语：Valence bond programs）
  • CRYSTAL（英语：CRYSTAL (software)）
  • Firefly（英语：Firefly (computer program)）
  • GAMESS (英国版)（英语：GAMESS (UK)）
  • GAMESS (美国版)
  • GAUSSIAN
  • Jaguar（英语：Jaguar (software)）
  • MOLCAS（英语：MOLCAS）
  • MOLPRO（英语：MOLPRO）
  • ONETEP（英语：ONETEP）
  • OpenAtom（英语：OpenAtom）
  • ORCA（英语：ORCA (quantum chemistry program)）
  • PLATO（英语：PLATO (computational chemistry)）
  • PQS（英语：PQS (software)）
  • Q-Chem（英语：Q-Chem）
  • Quantemol（英语：Quantemol）
  • Scigress（英语：Scigress）
  • Spartan（英语：Spartan (chemistry software)）
  • TeraChem（英语：TeraChem）
  • TURBOMOLE（英语：TURBOMOLE）
  • VASP
  • WIEN2k（英语：WIEN2k）
  • XMVB（英语：Valence bond programs）
键线式绘图
自由软件
  • JChemPaint（英语：JChemPaint）
  • Molsketch
  • XDrawChem（英语：XDrawChem）
专有软件
  • ACD/ChemSketch（英语：ACD/ChemSketch）
  • BIOVIA Draw（英语：ISIS/Draw）
  • ChemDoodle
  • ChemDraw（英语：ChemDraw）
  • ChemWindow（英语：ChemWindow）
  • JME分子编辑器（英语：JME Molecule Editor）
  • MarvinSketch
其它
  • Aqion（英语：Aqion）
  • Eulim（英语：Eulim）
  • EXC code（英语：EXC code）
  • GenX
  • GSim
  • Mercury（英语：Mercury (crystallography)）
  • CrystalExplorer（英语：CrystalExplorer）
  • ICM（英语：Internal Coordinate Mechanics）（ICM浏览器）
  • Materials Studio
  • Molden（英语：Molden）
  • OpenChrom（英语：OpenChrom）
  • SASHIMI