Chemistry Development Kit
| Chemistry Development Kit software | |
|---|---|
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| Genere | Bioinformatica Chemioinformatica Educazione |
| Sviluppatore | Il progetto CDK |
| Ultima versione | 1.2.5 (30 gennaio 2010) |
| Sistema operativo | Multipiattaforma |
| Linguaggio | Java |
| Licenza | LGPL (licenza libera) |
| Sito web | sourceforge.net/projects/cdk/ |
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Chemistry Development Kit, CDK, è una libreria Java open source per la chemioinformatica e la bioinformatica.[1] È disponibile per sistemi Windows, macOS, Linux e Unix. È distribuito sotto licenza GNU LGPL.
Storia
Chemistry Development Kit fu creato nel 2000 da Christoph Steinbeck, Egon Willighagen e Dan Gezelter, gli sviluppatori di Jmol e JChemPaint in quel periodo, allo scopo di creare una base di codici comuni a questi due progetti. Da allora molte persone hanno contribuito al progetto, portando a un ricco insieme di funzionalità come descritto successivamente.
Libreria
CDK stesso è una libreria, piuttosto che un programma per l'utilizzo finale. Tuttavia, è stato integrato in vari ambienti per renderne disponibile la sua funzionalità. CDK è attualmente utilizzato in diverse applicazioni, tra le quali CDK-Taverna, Bioclipse e Cinfony.
Funzionalità principali
Chemioinformatica
- Edizione e generazione di molecole in 2D
- Generazione di geometrie 3D
- Ricerca strutturale (substruttura o struttura esatta)
- Calcolo dei descrittori QSAR[2]
- Calcolo delle impronte binarie (fingerprint)
- Calcoli force field
- Supporto di molti formati dei file chimici
- Generatori di struttura
Bioinformatica
- Rivelazione dei siti attivi delle proteine
- Rivelazione dei ligandi simili DOI: 10.1016/j.jmb.2006.09.041
Generale
- Adattatore Python
- Adattatore Ruby
- Comunità degli utenti attivi
Note
- ^ Steinbeck, C.; Han, Y. Q.; Kuhn, S.; Horlacher, O.; Luttmann, E.; Willighagen, E.L. The Chemistry Development Kit (CDK): An open-source Java library for chemo- and bioinformatics. Journal of Chemical Information and Computer Sciences 2003, 43, 493-500. DOI: 10.1021/ci025584y
- ^ Steinbeck, C.; Hoppe, C.; Kuhn, S.; Floris, M.; Guha, R.; Willighagen, E.L. Recent developments of the chemistry development kit (CDK) - an open-source java library for chemo- and bioinformatics.. Current pharmaceutical design 2006, 12, 2111-20. DOI: 10.2174/138161206777585274
Voci correlate
- Bioclipse - Programma basato su Eclipse/RCP per la chemioinformatica e la bioinformatica
- Jmol - Programma di visualizzazione delle molecole in 3D
- JOELib - Versione Java dei programmi OpenBabel e OELib (versione precedente)
- JChemPaint - Editor di molecole in 2D
Collegamenti esterni
- (EN) CDK Project, su sourceforge.net.
- (EN) CDK Wiki, su sourceforge.net (archiviato dall'url originale il 31 maggio 2010).
- (EN) CDK News, su steinbeck-molecular.de. URL consultato il 17 giugno 2010 (archiviato dall'url originale il 21 giugno 2010).
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