SHC014-CoV

SHC014-CoV
Description de l'image Defaut 2.svg.
Classification
Domaine Riboviria
Ordre Nidovirales
Sous-ordre Cornidovirineae
Famille Coronaviridae
Sous-famille Orthocoronavirinae
Genre Betacoronavirus
Sous-genre Sarbecovirus
Espèce SARSr-CoV

forme

Bat SL-CoV RsSHC014
 

Classification phylogénétique

Position :

SHC014-CoV est une souche de coronavirus lié au SRAS qui infecte les rhinolophes. Elle a été découverte dans la préfecture de Kunming, capitale du Yunnan, dans le sud de la Chine. Elle fut découverte en même temps que la souche Rs3367, dont la lignée capable d'infecter des cellules humaines fut appelée coronavirus de chauve-souris WIV1 lié au SRAS[2].

Découverte

D' à , dans la préfecture de Kunming, des chercheurs de l'Institut de virologie de Wuhan collectèrent des échantillons de matières fécales d'une colonie de chauve-souris de l'espèce Rhinolophus sinicus. Parmi les 117 échantillons, 27 (23 % du total) contenaient sept différentes souches de coronavirus liés au SRAS dont deux, nommées RsSHC014 et Rs3367, étaient inconnues[2].

Virologie

En 2013, des études ont montré que Rs3367 pouvait infecter des cellules humaines de la lignée HeLa. Cette lignée infectieuse a été baptisée coronavirus de chauve-souris WIV1 lié au SRAS[2].

En 2015, l'université de Caroline du Nord à Chapel Hill et l'Institut de virologie de Wuhan ont montré que SHC014 pouvait être modifié pour infecter des cellules HeLa en utilisant des procédés de génétique inverse pour créer un virus chimérique[3],[4].

La version SL-SHC014-MA15 du virus, conçue pour infecter les souris, diffère de 7 % (plus de 5 000 nucléotides) du SARS-CoV-2, le virus responsable de la pandémie de Covid-19[5].

Position phylogénétique



16BO133 (zh), 82.8 % / SARS-CoV-1, Rhinolophus ferrumequinum, Jeolla du Nord, Corée du Sud[6]





Rf1 (zh), 87.8 % / SARS-CoV-1, Rhinolophus ferrumequinum, Yichang, Hubei[7]



HKU3 (zh), 87.9 % / SARS-CoV-1, Rhinolophus sinicus, Hong Kong & Guangdong[8]





LYRa11, 90.9% to SARS-CoV-1, Rhinolophus affinis, Baoshan, Yunnan[9]




Rp3 (zh), 92.6 % / SARS-CoV-1, Rhinolophus pearsoni, Nanning, Guangxi[7]




YNLF_31C, 93.5 % / SARS-CoV-1, Rhinolophus ferrumequinum, Lufeng, Yunnan[10]



YNLF_34C, 93.5 % / SARS-CoV-1, Rhinolophus ferrumequinum, Lufeng, Yunnan[10]







SHC014-CoV, 95.4 % / SARS-CoV-1, Rhinolophus sinicus, Kunming, Yunnan[11]



WIV1, 95.6 % / SARS-CoV-1, Rhinolophus sinicus, Kunming, Yunnan[11]




WIV16, 96.0 % / SARS-CoV-1, Rhinolophus sinicus Kunming, Yunnan[12]





Civet SARS-CoV (en), 99.8 % / SARS-CoV-1, Paguma larvata, Canton, Chine[8]



SARS-CoV-1 (100 %)









SARS-CoV-2, 79 % / SARS-CoV-1[13]


Voir aussi

Références

  1. ↑ (en) Maciej F. Boni, Philippe Lemey, Xiaowei Jiang, Tommy Tsan-Yuk Lam, Blair W. Perry, Todd A. Castoe, Andrew Rambaut et David L. Robertson, « Evolutionary origins of the SARS-CoV-2 sarbecovirus lineage responsible for the COVID-19 pandemic », Nature Microbiology, vol. 5, no 11,‎ , p. 1408-1417 (PMID 32724171, DOI 10.1038/s41564-020-0771-4, lire en ligne)
  2. ↑ a b et c Ge XY, Li JL, Yang XL, Chmura AA, Zhu G, Epstein JH, Mazet JK, Hu B, Zhang W, Peng C, Zhang YJ, Luo CM, Tan B, Wang N, Zhu Y, Crameri G, Zhang SY, Wang LF, Daszak P, Shi ZL, « Isolation and characterization of a bat SARS-like coronavirus that uses the ACE2 receptor », Nature, vol. 503, no 7477,‎ , p. 535–8 (PMID 24172901, PMCID 5389864, DOI 10.1038/nature12711, Bibcode 2013Natur.503..535G)
  3. ↑ Menachery VD, Yount BL, Debbink K, Agnihothram S, Gralinski LE, Plante JA, Graham RL, Scobey T, Ge XY, Donaldson EF, Randell SH, Lanzavecchia A, Marasco WA, Shi ZL, Baric RS, « A SARS-like cluster of circulating bat coronaviruses shows potential for human emergence », Nature Medicine, vol. 21, no 12,‎ , p. 1508–13 (PMID 26552008, PMCID 4797993, DOI 10.1038/nm.3985)
  4. ↑ Declan Butler, « Engineered bat virus stirs debate over risky research », Nature,‎ (DOI 10.1038/nature.2015.18787)
  5. ↑ Liu SL, Saif LJ, Weiss SR, Su L, « No credible evidence supporting claims of the laboratory engineering of SARS-CoV-2 », Emerging Microbes & Infections, vol. 9, no 1,‎ , p. 505–507 (PMID 32102621, PMCID 7054935, DOI 10.1080/22221751.2020.1733440)
  6. ↑ Kim Y, Son K, Kim YS, Lee SY, Jheong W, Oem JK, « Complete genome analysis of a SARS-like bat coronavirus identified in the Republic of Korea. », Virus Genes, vol. 55, no 4,‎ , p. 545-549 (PMID 31076983, PMCID 7089380, DOI 10.1007/s11262-019-01668-w, lire en ligne)
  7. ↑ a et b W. Li, « Bats Are Natural Reservoirs of SARS-Like Coronaviruses », Science, vol. 310, no 5748,‎ , p. 676–679 (ISSN 0036-8075, DOI 10.1126/science.1118391)
  8. ↑ a et b Xing‐Yi Ge, Ben Hu, and Zheng‐Li Shi, Bats and Viruses: A New Frontier of Emerging Infectious Diseases, First Edition., John Wiley & Sons, (lire en ligne), « BAT CORONAVIRUSES »
  9. ↑ He B, Zhang Y, Xu L, Yang W, Yang F, Feng Y, « Identification of diverse alphacoronaviruses and genomic characterization of a novel severe acute respiratory syndrome-like coronavirus from bats in China. », J Virol, vol. 88, no 12,‎ , p. 7070-82 (PMID 24719429, PMCID 4054348, DOI 10.1128/JVI.00631-14, lire en ligne)
  10. ↑ a et b Susanna K. P. Lau, Yun Feng, Honglin Chen, Hayes K. H. Luk, Wei-Hong Yang, Kenneth S. M. Li, Yu-Zhen Zhang, Yi Huang, Zhi-Zhong Song, Wang-Ngai Chow, Rachel Y. Y. Fan, Syed Shakeel Ahmed, Hazel C. Yeung, Carol S. F. Lam, Jian-Piao Cai, Samson S. Y. Wong, Jasper F. W. Chan, Kwok-Yung Yuen, Hai-Lin Zhang, Patrick C. Y. Woo et S. Perlman, « Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS) Coronavirus ORF8 Protein Is Acquired from SARS-Related Coronavirus from Greater Horseshoe Bats through Recombination », Journal of Virology, vol. 89, no 20,‎ , p. 10532–10547 (ISSN 0022-538X, DOI 10.1128/JVI.01048-15)
  11. ↑ a et b Xing-Yi Ge, Jia-Lu Li et Xing-Lou Yang, « Isolation and characterization of a bat SARS-like coronavirus that uses the ACE2 receptor », Nature, vol. 503, no 7477,‎ , p. 535–8 (PMID 24172901, PMCID 5389864, DOI 10.1038/nature12711, Bibcode 2013Natur.503..535G)
  12. ↑ Yang XL, Hu B, Wang B, Wang MN, Zhang Q, Zhang W, « Isolation and Characterization of a Novel Bat Coronavirus Closely Related to the Direct Progenitor of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus. », J Virol, vol. 90, no 6,‎ , p. 3253-6 (PMID 26719272, PMCID 4810638, DOI 10.1128/JVI.02582-15, lire en ligne)
  13. ↑ Hu Ben, Guo Hua, Zhou Peng et Shi Zheng-Li, « Characteristics of SARS-CoV-2 and COVID-19. », Nature Reviews Microbiology, no 19,‎ , p. 141-154 (DOI 10.1038/s41579-020-00459-7, lire en ligne)
v · m
Ordre : Nidovirales
Alphaletovirus (en)
Milecovirus
  • Microhyla letovirus 1
Alphacoronavirus
Amalacovirus
  • Alphacoronavirus AMALF
Colacovirus
  • Bat coronavirus CDPHE15
Decacovirus
  • Alphacoronavirus CHB25
  • Alphacoronavirus WA3607
  • Coronavirus de chauve-souris HKU10 (en)
  • Alphacoronavirus de Rhinolophus ferrumequinum HuB-2013 (en)
Duvinacovirus
Luchacovirus
  • Lucheng Rn rat coronavirus
Minacovirus
  • Mink coronavirus 1
Minunacovirus
  • Coronavirus de Miniopterus 1 (en)
  • Coronavirus de Miniopterus HKU8 (en)
Myotacovirus
  • Myotis ricketti alphacoronavirus Sax-2011
Nyctacovirus
  • Alphacoronavirus HKU33
  • Alphacoronavirus WA2028
  • Alphacoronavirus de Nyctalus velutinus SC-2013 (en)
  • Coronavirus de Pipistrellus kuhlii 3398 (en)
Pedacovirus
Rhinacovirus
Setracovirus
Soracovirus
  • Sorex araneus coronavirus T14
Sunacovirus
  • Suncus murinus coronavirus X74
Tegacovirus
Betacoronavirus
Embecovirus
Hibecovirus
  • Bat Hp-betacoronavirus Zhejiang2013
Merbecovirus
Nobecovirus
Sarbecovirus
Deltacoronavirus
Andecovirus
  • Wigeon coronavirus HKU20
Buldecovirus
  • Bulbul coronavirus HKU11 (en)
  • Common moorhen coronavirus HKU21
  • Coronavirus HKU15 (PorCoV HKU15)
  • Munia coronavirus HKU13
  • White-eye coronavirus HKU16
Herdecovirus
  • Night heron coronavirus HKU19
Gammacoronavirus
Brangacovirus
  • Goose coronavirus CB17
Cegacovirus
Igacovirus
Alphapironavirus
Samovirus
  • Alphapironavirus bona
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