Il est le frère de Martin Ruzé de Beaulieu (Secrétaire d'État de la Maison du roi ou Secrétaire du roi) sous Henri III, Henri IV et Louis XIII). Ils avaient pour père Guillaume IV Ruzé (Seigneur de Beaulieu et Receveur Général des Finances de Touraine) et pour mère Marie Tostu et pour grands-parents, Guillaume III Ruzé, conseiller au parlement et son épouse Catherine Briçonnet. De ce fait, sa famille comptait ainsi déjà trois évêques de Saint-Malo.
Il commence sa carrière comme enseignant au Collège de Navarre et devient le conseiller et le confesseur des rois Henri IICharles IX et Henri III. En 1570, il accompagne Charles IX lors de sa visite à Saint-Malo : c'est le seul séjour qu'il fait dans sa cité épiscopale. Jamais consacré, il se démet en faveur de François Thomé en se réservant une pension de 5.000 livres à prélever sur les revenus du diocèse.
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