Fontaines-en-Sologne liegt etwa 18 Kilometer ostsüdöstlich von Blois. Durch die Gemeinde fließt der Conon. Eine Seenlandschaft erstreckt sich im gesamten Gebiet. Umgeben wird Fontaines-en-Sologne von den Nachbargemeinden Tour-en-Sologne im Norden und Nordwesten, Bauzy im Nordosten, Courmemin im Osten, Mur-de-Sologne im Südosten, Soings-en-Sologne im Süden, Le Controis-en-Sologne mit Contres im Südwesten sowie Cheverny und Cour-Cheverny im Westen.